منظور از اختلال هویت جنسی در کودکان (احساس درونی مرد بودن یا زن بودن) است. پسری که هویت مردانه دارد، لباس پسرانه می پوشد و رفتارهایش پسرانه و مردانه، است و دوست دارد با پسرها معاشرت و بازی کند و اگر او را به اسم دختر صدا کنند، شدیداً به او بر می خورد و ناراحت می شود و با عصبانیت می گوید: من پسرم نه دختر. دختری که هویت زنانه را پذیرفته است، لباس و ظاهر زنانه و دخترانه دارد، با دخترها معاشرت می کند و بازی های دخترانه انجام می دهد.
اختلال هویت جنسی در کودکان باعث می شود که احساس مردانگی در پسران و احساس زنانگی در دختران شکل نگیرد و کودکان به صورت مداوم و شدید، تمایل به اتخاذ وضعیت و نقش جنس مخالف را داشته باشند.
